La peregrinación a las tumbas de los apóstoles ha convertido a Roma en destino de multitud de personas. A fines de la Edad Media surgieron en esta ciudad instituciones, con iglesias y hospitales, que funcionaron como centros de acogida para peregrinos españoles, especialmente necesitados y enfermos.

La presencia hispana en la Ciudad Eterna está atestiguada desde antiguo. Queda memoria de la iglesia de Santiago el Mayor, junto al Coliseo, cuyo edificio fue demolido en los primeros años del siglo XIX. También de la iglesia de Santo Tomás, situada en la “Via di San Tommaso de Spanis” (la actual Via del Mascherone), con testimonios documentales desde el siglo XII, y que a fines del siglo XVI fue cedida por Gregorio XIII a los boloñeses, adoptando el nombre de iglesia de los Santos Juan Evangelista y Petronio.

Durante los años finales del siglo XV y los primeros de la centuria siguiente también funcionaron en Roma otros hospitales españoles: Santa María del Araceli, Santa María de la Paz, y otro más junto a la iglesia de Santa María sopra Minerva.

No obstante, fue durante los siglos XIV y XV cuando se erigieron dos instituciones similares con fines marcadamente litúrgicos, caritativos y asistenciales, y que, por su origen y actividad, fueron adquiriendo progresivamente el carácter de iglesias nacionales, en torno a las cuales giró la vida de la colonia española en Roma.

Una de ellas fue la iglesia y hospital de Santiago y San Ildefonso de los Españoles, situada en la Piazza Navona. Fue fundada por el salmantino Alfonso de Paradinas, obispo de Ciudad Rodrigo, en el siglo XV. La construcción del citado templo comenzó probablemente en torno al año jubilar de 1450, siendo el primero del Renacimiento en Roma.

La otra institución similar fue la iglesia y hospital de Santa María de Montserrat. Sus antecedentes históricos se hallan en la voluntad de dos mujeres, la barcelonesa Jacoba Ferrándiz (+1385) y la mallorquina Margarita Pau (+1393).

La primera de ellas fundó y regentó el hospital de San Nicolás, mientras que la segunda hizo lo mismo con el hospital de Santa Margarita, situado junto a la citada iglesia de Santo Tomás de los Españoles. Ambas fundaciones fueron unidas a mediados del siglo XV, y poco después fue vendido el hospital de Santa Margarita.

El 23 de junio de 1506 algunos notables aragoneses, catalanes y valencianos establecieron en la pequeña capilla de San Nicolás la Cofradía de Nuestra Señora de Montserrat, entre cuyos fines se encontraba la acogida y asistencia de peregrinos.

Esta hermandad fue de vital importancia para la construcción de una nueva iglesia, que sería dedicada a Nuestra Señora de Montserrat. La primera piedra, bendecida por Juan Sánchez, obispo de Cefalú (Sicilia), fue colocada el 13 de junio de 1518, durante el pontificado de León X. Su construcción se prolongó hasta la primera mitad del siglo XX.

Al inicio del siglo XIX, la iglesia de Montserrat presentaba un aspecto  desolador, por lo que se decidió cerrarla y fusionarla con la de Santiago en Piazza Navona. Así, el papa Pío VII aprobó en 1807 la unión canónica de ambas iglesias, y declaraba a la Virgen de Montserrat copatrona y cotitular de la iglesia de Santiago y San Ildefonso.

En 1817 se clausuró el templo de Piazza Navona, al tiempo que se ordenaba la restauración total de la iglesia de Montserrat, a donde los capellanes se trasladaron definitivamente en 1819, transfiriéndose la mayor parte del patrimonio artístico del edificio.

La iglesia de Piazza Navona fue adquirida en 1878 por el religioso francés Julio Chevalier, siendo entonces dedicada a Nuestra Señora del Sagrado Corazón.

Por esta razón, el templo de Via Monserrato quedó como Iglesia Nacional Española de Santiago y Montserrat, pasando a denominarse más tarde por la autoridad eclesiástica de la diócesis de Roma: Chiesa di santa Maria in Monserrato degli Spagnoli.

Se comenzó también a pensar en una nueva organización y actividad para los capellanes de la Iglesia. Este procesó culminó en 1949, con la creación de un convictorio eclesiástico, el cual se constituyó también como Centro Español de Estudios Eclesiásticos, del que fue su primer rector el sacerdote Maximino Romero de Lema.

Los sacerdotes de dicho convictorio eclesiástico son los encargados del culto litúrgico de esta iglesia y de la acogida a los peregrinos, al tiempo que se dedican al estudio y fomento de las ciencias eclesiásticas. Uno de sus deberes fundamentales es cumplir con las obligaciones espirituales que gravan los bienes que gestiona la Obra Pía-Establecimientos Españoles en Italia, la cual mantiene económicamente tanto a la Iglesia como al Centro Superior Español de Estudios Eclesiásticos.